Głównym filarem unijnego wsparcia jest living allowance, czyli dodatek na utrzymanie, który wynosi bazowo 6350 euro miesięcznie. Warto jednak pamiętać, że kwota ta stanowi tzw. pełny koszt pracodawcy (brutto-brutto). Instytucja goszcząca ma obowiązek odprowadzić od niej podatki oraz składki na ubezpieczenia społeczne zgodnie z prawem krajowym. Przez to ostateczna kwota netto, jaką stypendysta otrzyma na swoje konto różni się w zależności od wybranego państwa.

Dodatkowo kwota ta podlega korekcie za pomocą współczynnika kosztów utrzymania w danym państwie (country correction coefficient), co zapewnia naukowcom równą siłę nabywczą niezależnie od miejsca odbywania grantu. W przypadku grantów europejskich stosuje się współczynnik kraju goszczącego, natomiast w grantach globalnych faza wyjazdowa rozliczana jest według wskaźnika kraju partnerskiego, a faza powrotna – kraju beneficjenta.

Do pensji zasadniczej automatycznie doliczany jest mobility allowance w wysokości 710 euro miesięcznie, mający na celu pokrycie prywatnych kosztów relokacji, zakwaterowania czy podróży o charakterze nieprofesjonalnym. Dodatkowo naukowcy posiadający rodzinę mogą liczyć na family allowance wynoszący 660 euro miesięcznie. Unia Europejska definiuje obowiązki rodzinne bardzo szeroko – dodatek ten przysługuje osobom pozostającym w związku małżeńskim, partnerskim (uznawanym przez prawo danego kraju) lub posiadającym dzieci na utrzymaniu. Status rodzinny badacza weryfikuje się wstępnie w momencie zamknięcia naboru wniosków. Jeżeli badacz wziął ślub lub urodziło mu się dziecko przed upływem tego terminu, dodatek rodzinny zostanie automatycznie wliczony do całkowitego budżetu grantu. Kluczową i bardzo korzystną zmianą jest jednak fakt, że jeśli badacz nabędzie obowiązki rodzinne już w trakcie realizacji projektu, dodatek rodzinny może zostać zgłoszony, przyznany, a maksymalny wkład UE do grantu zostanie odpowiednio zwiększony.

Mobility allowance oraz family allowance muszą w 100% trafić do kieszeni naukowca. Instytucja goszcząca nie ma prawa potrącić ani jednego euro z tych dodatków na cele administracyjne, zakup biurek czy opłacenie procedur rekrutacyjnych. Środki te stanowią nienaruszalną część składową miesięcznego wynagrodzenia pracownika.

Program przewiduje również specjalne mechanizmy ochronne uruchamiane na wniosek:

• long-term leave allowance – dodatek wspierający w przypadku nieobecności badacza trwającej nieprzerwanie ponad 30 dni (np. z powodu urlopu macierzyńskiego, rodzicielskiego czy długiego zwolnienia chorobowego). Wynosi on 7060 euro pomnożone przez procent kosztów pokrywanych przez beneficjenta.
• special needs allowance – zryczałtowane wsparcie dla naukowców z długotrwałymi niepełnosprawnościami na pokrycie kosztów asystentów, adaptacji stanowiska pracy czy specjalnego transportu (dostępne w przedziałach od 3 000 do 60 000 euro).

Zgodnie z unijnym rozporządzeniem finansowym, granty nie mogą służyć generowaniu zysku przez naukowca ani instytucję. Naukowiec w ramach MSCA PF musi pracować w pełnym wymiarze godzin i wyłącznie na rzecz projektu. Nie można pobierać innej pensji zasadniczej z innego grantu za te same badania. Jeśli przed przyznaniem MSCA naukowiec posiadał inne, zewnętrzne finansowanie, nie może użyć środków MSCA jako „dopłaty” (top-up) podnoszącej jego dotychczasową pensję, ponieważ zostałoby to uznane za złamanie zasady no-profit.